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细菌、放线菌、古菌和酵母菌为材料开展基础和应用基础研究。基础研究侧重于构建作为基因克隆和表达的遗传系统，尤其是食品级表达的载体与受体系统，研究原核生物基因的时空表达，基因的特异性调控和全局性调控。应用基础研究侧重于研究微生物次生代谢的生物合成途径，提升生产菌的生产能力和获得新的代谢产物；同时采用基因工程和诱变育种等方法，对有应用价值的微生物菌种进行定向改良，以期获得可用于工业化生产的优良基因工程菌株。在分子水平改良酶的结构和功能是对工业微生物菌种传统诱变育种的发展和扬弃。采用ＤＮＡ改组，酶定向进化，分子孵化技术改良产酶编码基因可**提高产酶基因在宿主中的表达，从而提高酶的活力，增加酶的稳定性并产生其它附加功能。
掌握了野性十足的菌种，还必须有与之配套能够保持菌种野性的发酵培育方法、防止菌种变异办法、菌种提纯办法、防止交叉污染办法和菌种复壮保存办法，可见菌剂的生产工艺也至关重要。良好的生产工艺不仅要比较大限度的保证活菌接种体的数量和活力，还要尽可能保留菌种生长繁殖过程中分泌的次生代谢产物，这两者的结合体才能保证菌种在自然界立于不败之地，才是完整且具野性的合格菌剂。 大凡了解微生物特性的企业负责人和技术人员，都很注重原始菌种的保藏和复壮，同时会花大力气创新菌剂生产工艺，持续保存菌剂产品的野老虎特性。
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