产生的 ΔRn 值也不同。请注意,荧光信号基线属于非模板依赖性因素,两种预混液的基线是不同的(图 3A)。Ct 值的变化并没有反映出反应系统的整体性能(图 3B)。灵敏度相当的预混液产生的 Ct ***值可能不同。
使用预混液 A 和预混液 B 在等量的人类 gDNA 中进行 RNase P 扩增。(A) Rn 根据循环数进行绘制,北京基因表达荧光定量PCR分析服务,并且显示两个反应的基线。(B) 对数 (ΔRn) 根据循环数进行绘制,北京基因表达荧光定量PCR分析服务。两种预混液的阈值(绿线)设定为相同水平。对于相同浓度的靶标而言,预混液 B 的 Ct 值 (CtB) 早于预混液 A 的相应值 (CtA),北京基因表达荧光定量PCR分析服务,表明预混液 B 的基线较低。使用 Applied Biosystems™ 7500 实时荧光定量 PCR 系统执行所有扩增。
浓度测定
A260下读值为1表示40 μg RNA/ml。样品RNA浓度(μg/ml)计算公式为:A260 ×稀释倍数× 40 μg/ml。具体计算如下:
RNA溶于40 μl DEPC水中,取5ul,1:100稀释至495μl的TE中,测得A260 = 0.21
RNA 浓度= 0.21 ×100 ×40 μg/ml = 840 μg/ml 或 0.84 μg/μl
取5ul用来测量以后,剩余样品RNA为35 μl,剩余RNA总量为:
35 μl × 0.84 μg/μl = 29.4 μg
RNA溶液的A260/A280的比值即为RNA纯度,比值范围1.8到2.1。
2)变性琼脂糖凝胶电泳测定
一个评估 PCR 效率的关键参数是 R2,它是说明如何使用一个数值预测另一个数值的相关程度的统计学术语。如果 R2 为 1,那么 Y 值 (Ct) 可以用来准确预测 X 值(图7A)。如果 R2 为 0,那么就不能通过 Y 值预测 X 值(图 7B)。R2 值 >0.99 表示两个数值之间相关的置信度良好。
精确度
标准差(偏差的平方根)是**常用的精确度计量方法。如果许多数据点都靠**均值,则标准差就小;如果许多数据点都远离平均值,则标准差就大。
实际上,足够多重复次数产生的数据**形成大致的正态分布。这经常可通过经典的中心极限定理来证明,该定理称大量**同分布随机变量的和在无限多时趋向于正态分布。如图 8A 所示,约 68% 的值在平均值的 1 个标准差之内,约 95% 的值在平均值的 2 个标准差之内,约 99.7% 的值在平均值的 3 个标准差之内。
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